Ce calcul ignore les coûts liés à la sécurité. Ainsi, un parc de postes Linux n'est, à ce jour, pratiquement sujet ni aux virus, ni aux spyware. Or la lutte contre ces codes malfaisants très courants sous Windows peut représenter un considérable gâchis de temps (pour les utilisateurs et les informaticiens) et d'argent, en commençant par l'indispensable abonnement annuel à une suite de sécurité.