La version 9 comporte de nombreuses améliorations et résoud certains bogues de la version 8. Mais des fonctionnalités présentes depuis quasiment le début d' Acrobat ont disparues:
1- Impossibilité de faire un « glissé-déposé » sur les vignettes, pour substituer une page à une autre, tout en conservant, lors de la mise à jour, les liens des signets et les commentaires rajoutés. (Perte de fonctionnalité et de temps lors de la mise à jour d’un document)
2- La touche « vue précédente » et « vue suivante », n’est plus active entre plusieurs documents .pdf ouverts simultanément (Perte de fonctionnalité et de fluidité lors d’un exposé utilisant des documents .pdf comme support)
3- La zone « vignette », n’affiche plus toutes les vignettes, si le nombre de page n’est pas divisible par le nombre de colonne pour l’affichage des vignette (Perte de convivialité)
4- « pdfmaker » ne fonctionne plus avec Office 2000. Or beaucoup de grandes entreprises sont conservatrices afin de limiter leur budget informatique (Perte de fonctionnalité et impossibilité de déployer Acrobat 9 à grande échelle sous surcoût important pour ces entreprises)
5- En mode Mosaïque le bandeau avec les outils n’est plus commun au deux fichiers ouvert en simultané, mais chaque fichier possède son propre bandeau, qui devient alors plus large afin de conserver les mêmes outils. Conséquence : perte de d’espace utile sur l’écran (Perte de convivialité datant de la version 8)

Conclusion: pour ceux qui travaillent encore sous Windows XP, et n'ont pas besoin des nouvelles fonctionnalités de la version, il peut être préférable d'en rester à la version 7 pro, que malheureusement Adobe semble ne plus commercialiser aussi facilement.