Pour me présenter rapidement, je bosse pour un éditeur logiciel français qui développe des logiciels de comptabilité et des ERP pour ses clients.

J'ai participé à un gros développement .NET qui a mobilisé 5 développeurs pendant un peu plus de 3 ans. Je me situe donc dans la catégorie développeur .NET confirmé.

Je connais Java pour en avoir bouffé pendant mes études et pendant mon stage de fin d'études.

Voici les différences que je vois entre Java et .NET :

- Java est multi-environnement alors que .NET ne fonctionne que dans les environnements microsoft.

- Microsoft a incontestablement une bonne longueur d'avance sur Java en matière d'IHM type client lourd surtout depuis le .NET 3.0 avec WPF. On peut faire des IHM sous windows bien plus évoluées et rapidement alors que sous Java cela reste assez compliqué de faire des IHM. Ma derniere tentative fut en Swing avec JFormDesigner sous Eclipse, c'est pas mal mais ca reste a des années lumieres de la simplicité qu'on a en .NET. De plus, pour l'utilisateur, une IHM .NET est plus agréable car plus rapide

- le .NET a bien percé le milieu des PME mais cela reste assez rare chez les grands comptes sur de gros projets ou sur des développements critiques

- la grande force du .NET est d'être un ensemble d'outil très cohérant qui fonctionnent très bien entre eux. Contrairement au Java, lorsque tu veux faire qqchose en .NET, tu as une solution fournie par Microsoft et tu as rarement besoin d'utiliser des outils supplémentaires (depuis le framework 2.0 en tout cas puisqu'il manquait pas mal de choses en 1.1). Tandis qu'en Java, tu dois constament rajouter des briques (Struts, JSF, Hibernate, un framework Ajax parmis 150, etc). Il faudra souvent jongler pour trouver les outils du moment qui marchent bien et voir s'ils s'intègrent bien ensemble

- la grande force du Java c'est qu'il a fait ses preuves sur de gros projets et qu'il y a une grosse communauté open source derrière

- d'une maniere générale le developpeur est plus productif sous .NET que sous Java et on a coutûme de dire que pour un petit développement, sortir la grosse artillerie Java n'est pas intéressant

- l'avantage du .NET est aussi qu'il est beaucoup moins enseigné dans les écoles alors une compétence en .NET est peut être un peu plus difficile à trouver

- le gros inconvénient de .NET est que Microsoft dépense toujours beaucoup d'énergie pour lier ses clients à ses produits. Quand tu pars sur du .NET, côté serveur d'appli / web, tu n'as pas le choix c'est IIS. Côté base de données, tu peux utiliser ce que tu veux mais tu auras beaucoup plus de facilités si tu utilises SQL Server. Même si ces deux produits sont bons, je pense qu'on a ici une des explications pourquoi le .NET n'arrive pas encore chez les grands comptes : IIS et Sql Server ne fonctionnent que sous windows et les serveurs windows n'ont toujours pas la côte dans les grandes entreprises

- bien que Java soit relativement bien documenté globalement, un autre avantage du .NET est que tout est vraiment très bien documenté. Et notamment Microsoft met à la disposition des développeurs des WebCasts très très intéressants sur toutes les technos .NET. Aller je partage ma caverne d'alibaba : http://www.microsoft.com/France/visio(...) tu as aussi des webcasts très bien pour apprendre l'ASP.NET sur http://www.asp.net

Bref, les technos J2EE et .NET sont relativement proches et ont toutes les deux un bel avenir devant elles. Il n'est pas difficile de passer de l'une à l'autre car techniquement elles sont très similaires.

Le .NET côté client est déjà largement utilisé et le restera à l'avenir à mon avis. La où Microsoft a du terrain à gagner c'est sur le .NET côté serveur et notamment sur les technos web qui sont à la traine bien qu'elles soient de tres bonne qualité. Microsoft commence à se mettre à l'open source (www.codeplex.com) et à collaborer un peu avec des partenaires Open Source (intégration de Php sous IIS, Silverlight / Moonlight). On peut imaginer que cela changera un peu la donne.

Tout ça pour dire qu'il n'y a pas de mauvais choix entre J2EE et .NET pars sur celui qui t'inspire le plus tu trouveras toujours du boulot sur ces deux technos.