Il s'agit p-e juste d'une question de définition. Pour moi, un logiciel propriétaire est un logiciel qui ne te donne pas le droit de modifier, d'adapter,... "librement". En d'autres termes, il te dis: "regarder sous le capot est une mauvaise chose". OK, le libre n'est pas à l'origine de la génération des "regardeurs sous le capot", mais le propriétaire, dans ses fondements, va à l'encontre de cette génération.
Certes, certains logiciels proprios donnent la possibilité de bidouiller, mais aucun logiciel libre interdit de bidouiller (au contraire). Donc, s'il y a un clash (depuis que j'ai quitté le logiciel proprio, je n'ai jamais eu la nécessité d'y retourner (que ce soit chez moi ou au boulot), je ne peux donc pas témoigner), c'est bien "à cause" du logiciel propriétaire.
Finalement, on ne parle pas ici de performances ou de fonctionalités. P-e, effectivement, que le logiciel proprio est plus adapté, mais c'est purement circonstanciel: en quoi un logiciel libre ne pourrait-il pas faire un jour aussi bien ? Par contre, l'observation soulevée est "fondamentale": tant que le logiciel propriétaire sera propriétaire, par définition, ce problème persistera.